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    蚯蚓通過排泄及吞食活動能直接影響禽畜糞便的微生物數量，蚓糞中富含多種營養物質，且不易被環境分解，對微生物數量及活性亦具有間接影響。蚯蚓活動分解大分子物質有利于微生物及有益菌群繁殖。經過蚯蚓生物床處理后形成的堆肥中含有豐富的微生物區系，特別是真菌和放線菌的數量增加了兩個數量級，原因是在蚯蚓的代謝物中富含構成微生物飼料的主要成分(如多糖類、多種氨基酸和生物酶等)，而且蚯蚓的腸道對某些微生物而言相當于一個小型活動室，其中不少微生物能與蚯蚓互利共生。蚯蚓腸道適中的 pH 值和溫度、濕度為放線菌繁殖代謝提供了適宜的環境。另外，蚓糞表面有較多孔隙，能夠提供充足的氧氣及營養物質，適宜有益微生物的生存繁衍;蚓糞還有助于保持和吸收堆肥中的營養物質。通過吞食周邊老化的微生物，蚯蚓能調控蚓觸圈內的微生物分布及其群落結構。

     微生物的數量及活性與不同品種蚯蚓的生活習性有關。在提高微生物的活性及數量方面，內層種壯偉環毛蚓比表層種赤子愛勝蚓表現更佳。赤子愛勝蚓生活在堆肥表層，個頭較小但繁殖快，多取食碎屑及腐殖質;壯偉環毛蚓個體大，通過挖掘較深的穴道，在永久穴道中完成上食下居的過程，內層種表現出更大的蚓觸圈范圍。由于不同生態型蚯蚓的生活、取食習慣和個體大小等方面存在明顯差異，接種不同種蚯蚓對堆肥微生物的影響有顯著差異。